給湯能力の大きさによりランニングコストは変わりますか？

浴槽にお湯をためるなど、湯量が同じなら燃料消費量は同じです。

能力が大きい方が燃料を多く消費します。

シャワー等で、流したままだと能力の大きい方がシャワーの出がよいので、

湯量を多く使う傾向があり、その分燃料消費量が上がる場合があります。